少数民族受教育水平普遍落后于全国平均水平，在高层次人才方面差距尤其明显。2005年，五个自治区加云南、贵州、青海共8个民族省区只能招收培养669名博士生。这八省区的人口约占全国的20%，但博士生仅占全国总招生规模的1%，内地一所较大规模的重点院校博士的招生数都要超出这个数量。8省区当年硕士招生数为17764名，也仅占全国的1/20。
       另外，改革开放以来，“孔雀东南飞”，西部大批人才向东部沿海地区流动。同时从少数民族地区考出来的大学生，只有很少一部分毕业后回原住地，使得少数民族地区的人才更加匮乏。因而，采取特殊的政策措施加快少数民族高层次人才培养已刻不容缓。
       为从根本上改变西部民族地区高层次人才匮乏的状况，2004年7月，教育部、国家发改委、国家民委、财政部、人事部等五部委联合下发了《关于大力培养少数民族高层次骨干人才的意见》。2005年6月，五部委又联合印发了《培养少数民族高层次骨干人才计划的实施方案》。自2006年起，主要安排清华大学、北京大学、中国人民大学等国家重点大学和研究生培养单位，面向西部12个省、自治区、直辖市和新疆生产建设兵团，兼顾享受西部政策待遇的民族自治地方和需要特别支持的少数民族散杂居地区及内地西藏班、新疆班、民族院校、高校少数民族预科培养基地的教师和管理人才，采取公开招考、适当降分、统一划线的政策单独录取。学生入学前须与所在单位或所在省教育人事部门签订定向培养协议，毕业后按照定向培养协议，全部回定向地区（单位）就业。
       计划实施的第一年即2006年共招生2500人，其中硕士2000人、博士500人。此后招生规模逐步扩大，目前大体稳定在每年硕士4000人、博士1000人左右的规模。
       报考少数民族高层次骨干计划的学生全部享受国家公费研究生待遇，免学费并补助生活费，招生标准单独划线并一般较大幅度低于普通研究生招生标准。报考博士研究生的学生直接入学，报考硕士研究生的学生需经过一年研究生预科学习后经考核合格方能入学。