明清之际，穆斯林学者王岱舆、马注、刘智、马复初等人，将伊斯兰哲学的内容与儒释道思想调和起来，形成了具有中国特色的伊斯兰哲学。中国伊斯兰哲学，会通伊儒佛道，它有伊斯兰教义哲学的信仰本质，但就其哲学之命题、范围、结构、话语、价值来说却又是很儒家的。

　　第二，中国伊斯兰哲学在与儒释道会通的过程中大大丰富了中国哲学史的内容。这里从两个方面作一些说明。首先，中国伊斯兰哲学对三家哲学的融合使它在哲学体系的每一个主要方面都显得丰满、复杂。以体一学说为例，中国伊斯兰哲学通过“我”“性”“心”这个环节由低次第向高次第“返观”。“心”分物心、人心、真心“三品”，“性”分禀性、真性、大性“三品”，“我”分幻我、真我、无我“三品”。这三方面的首品与首品相对应，中品与中品相对应，末品与末品相对应。返观则按物心——禀性——幻我——人心——真性——真我——真心——大性——无我的次第递升。其次，在中国伊斯兰哲学中，也包含了在其以前中国哲学史上较少见的某些颇有价值的观点，如“智人之心，含天地，具万物，非果有天地万物之体也”的观点；“是故以目见物，不若以理察之。目之所见，或有差讹，理之所察，自无失误”的观点；“动亦静，静亦动，绝无止息，止息则间断，间断则天地毁矣”的观点；“两相成之事理，不可执一而论”的观点；关于体用隐显与概念矛盾运动的观点，等等。

　　第三，中国伊斯兰哲学是中国哲学史，特别是中国少数民族学史上重要的一页。中国哲学史，传统上只讲儒佛道哲学，而不讲中国伊斯兰哲学。中国伊斯兰哲学体现了世界两大文化的结合，特别是程朱理学与伊斯兰教一神论的成功结合。第四，中国伊斯兰哲学思想源泉来自译经诠经，揉数经为一经，大面积地融入中国传统思想之中，会东西为一体，提供了一种外来形式哲学转变为中国形式哲学的新模式。